روزنامه کیهان در پاسخ به انتقادات وزیر اطلاعات دولت خاتمی علیه سازمان‌های اطلاعاتی ایران در مطلبی نوشت مجید شریف، مترجم کتاب ضد اسرائیلی «اسطوره‌های بنیان‌گذار سیاست اسرائیل - تاریخ یک ارتداد»، در دوران وقوع قتل‌های زنجیره‌ای و دولت اصلاحات ترور شده است.

در بخشی از متن منتشر شده آمده است: «در فتنه قتل‌های زنجیره‌ای، چند منتقد نجیب نظام به قتل رسیدند و فضای تبلیغاتی مسمومی به راه افتاد. یکی از قربانیان این جنایت مشکوک، مرحوم دکتر مجید شریف، مترجم کتاب روشنگرانه و ضد صهیونیستی پروفسور روژه گارودی با نام «اسطوره‌های بنیان‌گذار سیاست اسرائیل - تاریخ یک ارتداد» بود. آقای یونسی که پس از کناره‌گیری وزیر وقت، وزیر اطلاعات شد، آیا بررسی مستقلی انجام داد که چرا باید مترجم کتاب ضد صهیونیستی در تهران ترور شود؟»

این مطلب در واکنش به سخنان اخیر علی یونسی است که رقابت اطلاعاتی بین سازمان اطلاعات سپاه و وزارت اطلاعات را عامل اصلی باز شدن فضا برای نفوذ امنیتی در کشور دانسته است. تا پیش از این، وزارت اطلاعات جمهوری اسلامی هیچ گاه قتل مجید شریف را برعهده نگرفته و آن را در راستای قتل‌های زنجیره‌ای معرفی نکرده است. اگرچه او پس از بازگشت و در دوران حضور در ایران، بارها برای پاسخگویی و بازجویی احضار شده بود.

مجید شریف، در سال ۱۳۶۲ ایران را ترک کرد و به سازمان مجاهدین خلق پیوست. با این حال پس از مدتی از این سازمان جدا شد و به یکی از منتقدان آن تبدیل شد. او در سال ۱۳۷۴ و پیش از بازگشت به ایران در نامه‌ای سرگشاده نوشت: «من به‌زودی به ایران باز می‌گردم، چرا که از برای ماندن در اینجا دیگر معنا و دلیل و توجیهی نمی‌یابم. به هر روی، برای رفتن، دلایل بیشتری دارم تا برای ماندن [...] چه بهتر که در ایران باشم، چه آنجا، حتی در زندان یا گورستان، باری در جایگاه خود هستم. [...] اما من به میهنم باز نمی‌گردم تا با قدرتی یا مقامی بیعت نمایم [...] "بازگشت به میهن" از برای من، به منزلة یک حق و حتی وظیفة طبیعی، انسانی و ملی است که باید بی‌قید و شرط، آزادانه و شرافتمندانه تحقق یابد.»

در دوران انجام قتل‌های زنجیره‌ای، تعدادی از روشنفکران و مخالفان جمهوری اسلامی توسط نیروهای وابسته به وزارت اطلاعات کشته شدند. پس از آن ماجرا برخی از نشریات به افشای ماجرا پرداختند. به دلیل این رسوایی، قربانعلی دری نجف‌آبادی وزیر وقت اطلاعات ناچار به استعفا شد. رهبر جمهوری اسلامی و برخی دیگر از نهادهای نزدیک به هسته مرکزی قدرت سعی کردند موضوع را به عوامل خارجی منتسب کنند. با این حال شواهدی که تا به امروز در دسترس هست نشان می‌دهد که این قتل‌ها با هماهنگی نیروهای اطلاعاتی و مجوز برخی از روحانیون تراز اول صورت گرفت.

مهشید شریف، در مصاحبه ای با وبسایت آسو در مورد قتل همسرش گفته است «در چند روزی که مجید مفقودالاثر بوده، آپارتمان کوچکی که در خانه‌ی پدری داشت، مورد کاوش قرار گرفته و تمام دست‌نوشته‌های او به سرقت رفته بود.»

او همچنین در مورد پیگیری خانواده شریف و بی نتیجه بودن تلاشهای آنها گفته است: «مادر مجید برای دادخواهی به خانم شیرین عبادی مراجعه کرد. ایشان پرونده‌ی مجید را پذیرا شد و با بدترین خبرها پرونده بدون پیگیری باقی ماند. واقعیت این بود که «مقامات» اجازه‌ی پیگیری را از خانم عبادی سلب کرده بودند. [...] در سال‌های اولیه‌ی قتل او، با آقای ناصر زرافشان، وکیل محترم دادگستری، آشنا شدم. او به ما خبر داد که در جریان دادرسی پرونده‌ی زنده یاد آقای جعفر پوینده، به مدارکی دست پیدا کرده که نشان از به قتل رساندن مجید دارد. او وکالت ما را هم به‌عهده گرفت. اما چندی بعد خود به زندان افتاد و هرگز نتوانست برای دادخواهی اقدامی بکند.»

پیش‌تر، وزیر اطلاعات دولت خاتمی با اشاره به ترور و خرابکاری‌های زنجیره‌ای صورت گرفته در ایران گفته بود: «از نفوذ سرویس‌های اطلاعاتی و مخصوصاً اسرائیل غفلت شد. طی ۱۰ سال اخیر متأسفانه نفوذ موساد در بخش‌های مختلف کشور به حدی است که جا دارد همه مسئولین جمهوری اسلامی برای جان خودشان نگران باشند. متأسفانه سازمان‌های امنیتی و اطلاعاتی به‌جای اینکه آنها را شناسایی کنند، به جان خودی‌ها افتاده‌اند.»

علی یونسی با بیان اینکه سرویس‌های اطلاعاتی داخل جمهوری اسلامی در رقابت با یکدیگر هستند و این موضوع باعث درگیری بین آنها شده، افزود «سازمان‌های جدید و موازی وزارت اطلاعات به‌جای اینکه با نفوذ مبارزه کنند، مشغول کنترل و مبارزه با خودی‌ها شدند. میدان برای نفوذ سرویس‌های جاسوسی دنیا باز شد و امروز ما حق داریم برای همه جا و هر اتفاقی که رخ بدهد نگران باشیم.»

در همین رابطه، محمود احمدی‌نژاد، رئیس جمهوری پیشین ایران نیز ضمن انتقاد از سازمان‌های اطلاعاتی کشور و با اشاره به پرونده مازیار ابراهیمی گفته بود «برای این‌که خط نفوذ را پنهان کنند و مردم یا مسئولان بالاتر متوجه نشوند که یک شبکه نفوذ دارد این کارها را می‌کند، رفتند سراغ چند نفر از زندانیان و آن‌ها را مجبور کردند بیایند جلوی دوربین، اما من همان موقع به وزیر مربوطه گفتم این دروغ است و مسخره‌اش را در آوردید.»

مازیار ابراهیمی که از سوی مقامات امنیتی ایران به‌عنوان یکی از اصلی‌ترین چهره‌های ترور دانشمندان هسته‌ای دستگیر شده بود و حتی تا اجرای حکم اعدام هم پیش رفته بود، در نهایت آزاد شد و بعد از آن برای آغاز یک زندگی دوباره از ایران بیرون آمد و اکنون در آلمان زندگی می‌کند. ابراهیمی در مصاحبه خود فاش کرد که دعوای نهادهای امنیتی در ایران بود که ماجرای دستگیری، شکنجه و در نهایت آزاد شدن او را سبب شد.